Инициаторами строительства церкви выступили местные жители Н. Г. Бредус, С. П. Трескина, Т. А. Кравцова. Начало к образованию прихода было положено 16 августа 2000 года на первом учредительном собрании под председательством благочинного протоиерея Олега Матвеева. Местная православная религиозная организация «Спасо-Преображенский приход села Иволгинск» зарегистрирована 4 октября 2000 года.
27 августа 2001 года решением администрации Иволгинского района было вынесено постановление о передаче здания районного дома культуры местной православной религиозной организации «Спасо-Преображенский приход». 23 октября 2001 года было принято решение предоставить приходу в постоянное (бессрочное) пользование земельный участок площадью 0,32 га, расположенный по адресу: с. Иволгинск, ул. Ленина, 45, для строительства церкви.
19 июля 2004 года состоялось совещание по вопросу сбора средств на строительство Спасо-Преображенского прихода в с. Иволгинск. Присутствующие избрали оргкомитет, который возглавила Валентина Петровна Астраханцева, председатель комитета по социальной политике АМСУ.
25 марта 2005 года старостой Н. Г. Бредус и В. И. Дружининым был составлен договор на возведение одноэтажного брусового дома площадью 72 кв. м. Во вторую седмицу Великого Поста, 25 марта 2005 года, освящено место под строительство молебного дома, начато строительство.
19 августа 2005 года на престольный праздник Преображения Господня была проведена первая литургия, верующие прошли Крестным ходом по улицам села.